El 28 de enero de 1997 Mercedes Sosa cerró el Festival de Cosquín incorporando a Charly García, uno de los emblemas del rock argentino. El hecho fue motivo de discusiones entre quienes sostienen una versión más acotada de la música folklórica y aquellos que la visualizan más relacionada con los diversos géneros que integran la música popular. Ambos artistas interpretaron «Rezo por vos», «Inconsciente colectivo», «De mí» y la versión rockera de García del «Himno nacional argentino» y recibieron una ovación, conformando una de las noches históricas del festival. Mercedes Sosa por su parte anunció en ese momento su decisión de no volver a Cosquín, agotada por las polémicas:37
Cosquín se acabó para mí. Estoy cansada de las polémicas, y de esta relación amor-odio con Cosquín. Es verdad que la gente me quiere mucho, pero cada vez que venía tenía que estar rindiendo examen y ya estoy un poco cansada de eso.
Mercedes Sosa.37
Mercedes Sosa y Charly García mantuvieron una estrecha relación de amistad y grabaron ese mismo año de 1997 el álbum Alta fidelidad, enteramente dedicada a las canciones del rockero. Al finalizar la grabación Mercedes fue afectada por una depresión aguda la llevó al borde de la muerte durante varios meses.
Le llevó casi un año recuperarse. El disco de aquel regreso se tituló Al despertar y fue producido por el Chango Farías Gómez, uno de los músicos claves del boom del folklore argentino, ganando el Premio Gardel al Disco del Año. El disco incluye dos canciones dedicadas a ella: «Almas en el viento» ("Si no hay palabras en tu dolor, yo seré el canto, seré tu voz", de su pianista Popi Spatocco) y «Al despertar» (de Peteco Carabajal), que da título al álbum. Se incluye también el tema «Indulto» de Alejandro Lerner, una crítica a las leyes de impunidad que cerraron los juicios por crímenes de lesa humanidad. Volvió a dar conciertos multitudinarios en la Argentina y volvió a girar por el mundo.
En 1999 Sosa grabó la Misa Criolla de Ariel Ramírez, una famosa obra de entrecruzamiento entre música académica y folklórica argentina, dedicándosela a su madre. Más allá de lo artístico, el hecho llamó la atención debido a la condición de agnóstica de la cantante. Mercedes aclaró entonces:
Durante toda mi vida las dos hemos tenido respeto: mi madre por mi ideología, y yo por su creencia religiosa. Nunca ella me ofendió a mí ni yo ofendí a mi madre, ni a ningún creyente. Nunca jamás canté ninguna canción en contra de Dios, y creo que eso fue gracias a mi madre. Por eso la dedicatoria.4
Ese mismo año de 1999 realizó un recital junto a Luciano Pavarotti en el estadio del Club Boca Juniors de Buenos Aires en el que cantaron a dúo dos temas: «Caruso» (de Lucio Dalla) y la canzonetta napolitana «Cuore ingrato».38


Mercedes Sosa en el Teatro Nacional Rubén Darío de Managua, Nicaragua, 2008. En su mano tiene una vaina de chivato, un tradicional instrumento indígena.
En 2001 grabó Acústico en el Gran Rex, un disco en vivo. Ese mismo año actuó en Israel por primera vez, volviendo a presentarse en 2008, siendo especialmente recordada por haber cantado en hebreo «Livkot lejá» (‘llorar por ti’), de Aviv Guefen, en memoria del asesinato de Itzhak Rabin.39
En 2002 ideó junto a sus amigos León Gieco y Víctor Heredia Argentina quiere cantar. Mercedes ha dicho que, de los artistas famosos, ella solo mantuvo una amistad profunda con León Gieco, Víctor Heredia y los integrantes del conjunto chileno Inti Illimani.27 Las presentaciones incluirían varias giras por el país. Entre 2003 y 2005 tuvo internaciones, deshidrataciones y descompensaciones.
En 2003, su hijo Fabián, quien colaboraba con el empresario Mauricio Macri en su campaña electoral para ser Jefe de Gobierno de la Ciudad de Buenos Aires, gestionó una visita del candidato a la casa de su madre, con el fin de transmitirle el apoyo de aquel a la propuesta de la cantante de crear un Museo de Arte Popular Latinoamericano en la ciudad, iniciado con una gran donación suya de objetos artísticos de gran valor. La visita, sin embargo fue manipulada políticamente y se informó falsamente que Mercedes Sosa había apoyado la candidatura de Mauricio Macri, un político con una ideología diametralmente opuesta a la que sustentara la cantante durante toda su vida. El diario La Nación presentó la visita con una foto de Macri tomando de la mano a Mercedes, bajo el subtítulo de «Elecciones en la Capital: las otras alianzas» e informando que «la cantante le expresó su apoyo en la carrera política».40
Mercedes Sosa se enojó mucho, retiró su ofrecimiento y desmintió su apoyo a Macri, informando públicamente que en las elecciones presidenciales había votado por Néstor Kirchner. Sin embargo los medios de comunicación casi no informaron sobre su desmentida y persistió la creencia errónea de que Mercedes Sosa había apoyado a Macri. Ella misma aclaró con las siguientes palabras la enojosa situación: